Alibey Adası, tarihi boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış zengin bir kültürel mirasa sahiptir. Antik Yunan'dan günümüze kadar uzanan süreçte, ada farklı isimlerle anılmış ve çeşitli dönemlerde önemli yerleşim alanları olarak varlık göstermiştir. Özellikle Bizans ve Osmanlı dönemlerinde, dini yapılar ve mimari eserlerle dolup taşan bu ada, geçmişin izlerini günümüzde de korumaktadır.

Alibey Adası'nın (Cunda) tarihi hakkında bilinenlerden bazıları şunlardır:

• Antik dönem. Ada, Antik Yunan döneminde "Nasos" ve "Pordoselene" gibi isimlerle anılmıştır.
• Bizans dönemi. Ada, bu dönemde dini yapılar ve manastırlarla ön plana çıkmıştır.
• Osmanlı dönemi. 18. ve 19. yüzyılda önemli bir Rum yerleşimi haline gelen adaya, bu dönemde taş sokaklar, kiliseler, taş evler ve zeytinyağı fabrikaları inşa edilmiştir.
• Modern dönem. 1922'den sonra adaya, Kuvâ-yi Milliye reislerinden Ali Çetinkaya onuruna "Alibey" adı verilmiştir.

Ayrıca, adada yapılan arkeolojik araştırmalarda, antik dönemden kalma seramik parçaları, yapı kalıntıları ve mezarlar bulunmuştur.