Büyük Menderes Ovası, tarihi boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış ve bu nedenle zengin bir kültürel mirasa sahip olmuştur. Antik dönemlerden günümüze kadar, bölge tarım ve ticaret açısından stratejik bir konumda kalmış, zamanla iklim değişiklikleri ve doğal afetler nedeniyle şekil almıştır. Bu ovada yaşanan taşkınlar, hem yerleşik hayatı etkilemiş hem de tarımsal faaliyetleri zorlaştırmıştır.

Büyük Menderes Ovası'nın tarihi hakkında şu bilgiler bilinmektedir:

• Antik Çağ'da Önemi: Antik çağda, Büyük Menderes Nehri'nin taşıdığı alüvyonlar nedeniyle Efes, Priene, Milet ve Myus gibi önemli liman kentleri limanlarından uzaklaşmış ve bu kentler önemlerini yitirerek iç kent haline gelmişlerdir.
• Taşkınlar: Geçmişte Menderes Nehri'nin taşkınları, bölge halkını zor durumda bırakmış, hatta karadan gidilen yollara kayıklarla gidilmesine ve köylülerin tarlalarından balık toplamasına neden olmuştur.

Günümüzde ise Büyük Menderes Havzası, çevre sorunları, özellikle su kirliliği ve aşırı kullanım nedeniyle tehdit altındadır.