Alamut Kütüphanesi, Moğol fetihleri sırasında ciddi bir yıkıma uğrayarak tarihsel ve kültürel miras açısından büyük kayıplara neden olmuştur. 13. yüzyılda yaşanan bu olaylar, sadece fiziksel bir mekanın değil, içindeki bilgilerin ve düşüncelerin de yok olmasına sebep olmuştur. Kütüphanenin kaybı, dönemin entelektüel birikimini anlamak için önemli bir boşluk yaratmıştır.

Alamut Kütüphanesi, Moğol saldırıları sonrasında büyük zarar görmüştür. 1256 yılında, Hülagü Han komutasındaki Moğol ordusu tarafından ele geçirilen Alamut Kalesi'nde bulunan kütüphane, içindeki sapkın risaleler ve incelemelerle dolu olduğu düşünülerek yakılmıştır. Kütüphaneden sadece Kur'an nüshaları, çok az sayıda kitap ve bazı astronomi araç gereçleri kurtarılabilmiştir. Bu durum, Nizarilerin tarihi, düşünce dünyası, inancı, doktrinleri ve yaşantıları hakkında birçok bilginin kaybolmasına yol açmıştır.