Ali Paşa, 1856 yılında ilan edilen Islahat Fermanı'nın şekillenmesinde ve uygulanmasında belirleyici bir figür olmuştur. Bu ferman, Osmanlı İmparatorluğu'ndaki çeşitli toplulukların haklarını düzenlemeyi amaçlarken, aynı zamanda uluslararası baskılara da bir yanıt niteliğindeydi. Ancak, bu yenilikçi adım, dönemin siyasi dinamikleri ve Ali Paşa'nın karşıtları tarafından tartışmalara yol açmış, fermanın getirdiği değişikliklerin uygulanması sürecinde zorluklarla karşılaşılmıştır. Sonuç olarak, Ali Paşa'nın bu süreçteki rolü, hem reformların etkisini hem de Osmanlı yönetiminde yaşanan içsel çatışmaları gözler önüne sermektedir.

Ali Paşa, Islahat Fermanı'nın hazırlanmasında ve yürürlüğe konulmasında etkin rol oynamıştır. 18 Şubat 1856 tarihli Islahat Fermanı ile imparatorluktaki Müslüman olmayan ahalinin durumları, büyük devletlerin istekleri doğrultusunda yeniden düzenlenmiştir. Ancak bu ferman, Ali Paşa'nın muhalifleri tarafından eleştirilmiş ve özellikle Mustafa Reşid Paşa, fermanı hainler tarafından Avrupa’ya verilen, memleketi tahrip edici bir belge olarak değerlendirmiştir. Fermanın ilanının üzerinden bir yıl geçmeden, Islahat Fermanı nedeniyle ülkenin dört bir yanında isyanların patlak vermesi üzerine Ali Paşa istifa etmek zorunda kalmıştır.