Akyatan Lagünü, doğal zenginlikleri ve biyoçeşitliliği ile dikkat çeken önemli bir ekosistemdir. Bu lagün, hem yerel hem de uluslararası düzeyde korunması gereken birçok türü barındırarak, doğal dengenin sürdürülmesinde kritik bir rol oynamaktadır. Burası, hem kuşların hem de deniz canlılarının yaşam alanı olarak, ekolojik sürekliği sağlamak adına vazgeçilmez bir bölgedir.

Akyatan Lagünü'nün koruma önemi şu noktalardan kaynaklanmaktadır:

• Ekolojik önem: Lagün, Ramsar kriterlerine göre sulak alan ekosistemi olarak uluslararası öneme sahiptir. 250'den fazla kuş türüne ev sahipliği yapar ve göçmen kuşlar için barınma ve kışlama alanı sağlar. Ayrıca, nesli tehlike altındaki yeşil deniz kaplumbağası ve iri başlı deniz kaplumbağası için önemli bir yuvalama alanıdır.
• Koruma statüleri: 1989 yılında Yaban Hayatı Koruma Alanı, 1997 yılında ise birinci ve ikinci derece sit alanı olarak ilan edilmiştir. 2020 yılında "Doğal Sit - Nitelikli Doğal Koruma Alanı" ve "Doğal Sit - Sürdürülebilir Koruma ve Kontrollü Kullanım Alanı" olarak tescillenmiştir.
• Ekonomik önem: Lagünde geleneksel dalyan balıkçılığı yapılmaktadır.