1965 yılında meydana gelen deprem, Enez Ayasofyası'nın (Fatih Camii) yapısal bütünlüğünü ciddi şekilde tehdit etmiştir. Bu olağanüstü doğa olayı, caminin mimari unsurlarında derin yaralar açarak, ibadet ve ziyaret faaliyetlerini durma noktasına getirmiştir. Zamanla yapılan restorasyonlar, bu tarihi yapının yeniden yaşama döndürülmesinde önemli bir rol oynamıştır.

1965 depremi, Enez Ayasofyası (Fatih Camii) üzerinde büyük hasara yol açmıştır. Depremde caminin kubbesi tamamen çökmüş ve yapı büyük ölçüde zarar görmüştür. Bu nedenle cami, hem ibadete hem de ziyarete kapatılmıştır. Ancak, Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 2016 yılında başlatılan restorasyon çalışmalarıyla yapı yeniden ayağa kaldırılmış ve 2021 yılında Diyanet İşleri Başkanı Ali Erbaş'ın kıldırdığı cuma namazıyla birlikte yeniden ibadete açılmıştır. Restorasyon sırasında, caminin eğilen duvarlarının enjeksiyon yöntemiyle güçlendirildiği ve yok olan minaresinin aslına uygun şekilde yeniden yapıldığı belirtilmiştir. Ayrıca, restorasyon sırasında çıkan arkeolojik buluntuların sergilenmesi için cami çevresinde bir müze oluşturulması planlanmaktadır.